La Iglesia de San Juan Bautista representaba la otra mitad del alma de la localidad: el sector de “Yébenes de Madrid”, que pertenecía a la Orden de San Juan de Jerusalén. Esta filiación le otorga un carácter especial, ya que las iglesias vinculadas a las órdenes militares solían tener una austeridad y una fuerza constructiva particulares.
El edificio es una joya del mudéjar tardío con añadidos posteriores, y su torre es uno de los elementos más característicos del paisaje urbano de Los Yébenes. Al igual que su “rival” Santa María, San Juan Bautista fue el epicentro de la vida social de su jurisdicción. El interior destaca por su atmósfera de paz y por conservar detalles artísticos que hablan de la riqueza que la Orden de San Juan trajo a estas tierras.
La coexistencia de dos iglesias de tal magnitud en un mismo núcleo urbano es algo excepcional que sólo se entiende conociendo la historia de las jurisdicciones cruzadas.
Hoy, ambas iglesias trabajan unidas, pero sus muros siguen recordando a los visitantes que Los Yébenes fue, durante siglos, un pueblo con dos corazones que latían a ritmos diferentes.